用ggplot2画heatmap

> library(ggplot2)
Loading required package: proto
Loading required package: grid
Loading required package: reshape
Loading required package: plyr
Loading required package: digest
> sample.data <- matrix(rnorm(500), 50, 10)
> sample.data <- as.data.frame(sample.data)
> sample.data <- cbind(paste("g", 1:50, sep=""), sample.data)
> colnames(sample.data) <- c("GeneName", paste("t", 1:10, sep=""))
> head(sample.data)
  GeneName         t1         t2         t3         t4         t5         t6
1       g1  0.6506507  2.2511342 -0.3816986  0.3280272  0.4610605  1.5809543
2       g2 -0.6905213  0.3381060 -0.7077111  1.4078910  0.2933683 -0.1066459
3       g3  0.3541356  0.4541696 -1.6335950  0.4263433 -0.5189055  0.5252583
4       g4 -0.7536498 -0.6576679 -1.2011061  0.2127903 -0.2037233 -0.6236748
5       g5  0.1589113  0.4053087 -1.1849440 -0.2635171  2.0520325 -0.2831023
6       g6  0.4785667  0.2277287 -0.5114406  0.3719895  0.7284306  0.1884368
          t7         t8           t9        t10
1 -1.3000891  0.5892476  1.590302760 -0.3231108
2  2.0824780  0.9929615 -0.133183908  0.8461574
3  0.5556600 -1.2984789  0.000519446  0.3543165
4  1.5932854  0.3699189  0.972156471 -0.5041644
5  0.7586054  1.3547863  1.778556359  1.3227048
6 -0.1165529  1.2721110  1.082750129 -0.9139294
> sample.data <- melt(sample.data)
Using GeneName as id variables
> head(sample.data)
  GeneName variable      value
1       g1       t1  0.6506507
2       g2       t1 -0.6905213
3       g3       t1  0.3541356
4       g4       t1 -0.7536498
5       g5       t1  0.1589113
6       g6       t1  0.4785667
> p <- ggplot(sample.data, aes(variable, GeneName))
> p <- p + geom_tile(aes(fill = value),
+ colour = "white") + scale_fill_gradient(low="white", high="steelblue")
> p
> library(Cairo)
> CairoPNG("d:/heatmap0206.png", 800,800)
> p
> dev.off()
windows
      2

把variable和GeneName分别作为x轴和y轴，然后按着value的值去填充颜色。

February 6th, 2010 in Computer Science | tags: plot, R | 40 views | No Comments

USB启动盘-Linux+WinPE

制作U盘版的启动盘，用于系统维护，虽然现在基本上不干这样的事，但还是弄一个，备用。

Linux用Sysresccd，这个版本是专门做livecd用于系统维护的，基于gentoo开发，我喜欢gentoo，所以选它-,-
还有一个好处是，可以选择启动32bit还是64bit的内核。这个很重要，因为做系统维护的话，通常是需要chroot到硬盘上的系统的。32bit是不能chroot到64bit的系统的，反之亦然。
Sysresccd可以从http://sourceforge.net/projects/systemrescuecd/下载到。
虽然是致力于做livecd，但也可以制作usb启动盘。几乎所有的livecd都能做为安装盘，当然这个也不例外。通过这个装gentoo，也算是省时省力的一件事。

制作过程可参考：http://www.sysresccd.org/Sysresccd-manual-en_How_to_install_SystemRescueCd_on_an_USB-stick
我在windows下制作这个：
先把U盘格式化成fat32格式
装载iso，拷文件到U盘里
重命名isolinux文件夹下的isolinux.cfg到syslinux.cfg
重命名isolinux文件夹到syslinux

在装载的光盘目录下，bootprog/syslinux-3.84.zip里有一个syslinux.exe，解压到硬盘。
运行cmd
syslinux -ma X:
#记得更改盘符-,-
#两个参数，m代表写入mbr，a代表分区设为active。

WinPE使用‘龙行天下U盘启动维护系统贺岁版’可从http://bbs.winpeedu.com/thread-1701-1-1.html下载。

解压后，打开lxtx_UBOOT_2009.5.18贺岁版\setup，运行“GRUBGUI.EXE”，选择相应的磁盘，选择“优先引导原来的MBR”，开始安装，然后将boot文件夹和szlos文件复制到U盘的根目录就可以了。

现在winpe的启动盘几乎都清一色用grub去引导，我本来还在想得去修改它的配置，让它去引导linux，没想到安装时，竟然有“优先引导原来的MBR”这个选项。试了一下，果然没问题，启动的时候，按空格进入grub，引导winpe启动盘，还有一些dos工具之类的。按其它键，则进入linux。总共才400多M，我的U盘有8G，再放一张xp的ghost镜像。这启动盘就perfect了。

Linux还带有X，默认不启动。StartX能出来。用的是XFCE。硬件都能检测出来。

% uname -a
Linux sysresccd 2.6.31.09-std134-amd64 #1 SMP Fri Dec 18 23:57:11 UTC 2009 x86_64 Intel(R) Core(TM)2 Quad CPU Q9400 @ 2.66GHz GenuineIntel GNU/Linux
% lspci
00:00.0 Host bridge: Intel Corporation 4 Series Chipset DRAM Controller (rev 03)
00:01.0 PCI bridge: Intel Corporation 4 Series Chipset PCI Express Root Port (rev 03)
00:19.0 Ethernet controller: Intel Corporation 82567LM-3 Gigabit Network Connection (rev 02)
00:1a.0 USB Controller: Intel Corporation 82801JD/DO (ICH10 Family) USB UHCI Controller #4 (rev 02)
00:1a.1 USB Controller: Intel Corporation 82801JD/DO (ICH10 Family) USB UHCI Controller #5 (rev 02)
00:1a.2 USB Controller: Intel Corporation 82801JD/DO (ICH10 Family) USB UHCI Controller #6 (rev 02)
00:1a.7 USB Controller: Intel Corporation 82801JD/DO (ICH10 Family) USB2 EHCI Controller #2 (rev 02)
00:1b.0 Audio device: Intel Corporation 82801JD/DO (ICH10 Family) HD Audio Controller (rev 02)
00:1c.0 PCI bridge: Intel Corporation 82801JD/DO (ICH10 Family) PCI Express Port 1 (rev 02)
00:1c.1 PCI bridge: Intel Corporation 82801JD/DO (ICH10 Family) PCI Express Port 2 (rev 02)
00:1d.0 USB Controller: Intel Corporation 82801JD/DO (ICH10 Family) USB UHCI Controller #1 (rev 02)
00:1d.1 USB Controller: Intel Corporation 82801JD/DO (ICH10 Family) USB UHCI Controller #2 (rev 02)
00:1d.2 USB Controller: Intel Corporation 82801JD/DO (ICH10 Family) USB UHCI Controller #3 (rev 02)
00:1d.7 USB Controller: Intel Corporation 82801JD/DO (ICH10 Family) USB2 EHCI Controller #1 (rev 02)
00:1e.0 PCI bridge: Intel Corporation 82801 PCI Bridge (rev a2)
00:1f.0 ISA bridge: Intel Corporation 82801JDO (ICH10DO) LPC Interface Controller (rev 02)
00:1f.2 IDE interface: Intel Corporation 82801JD/DO (ICH10 Family) 4-port SATA IDE Controller (rev 02)
00:1f.3 SMBus: Intel Corporation 82801JD/DO (ICH10 Family) SMBus Controller (rev 02)
00:1f.5 IDE interface: Intel Corporation 82801JD/DO (ICH10 Family) 2-port SATA IDE Controller (rev 02)
01:00.0 VGA compatible controller: ATI Technologies Inc RV710 [Radeon HD 4350]
01:00.1 Audio device: ATI Technologies Inc RV710/730